Sejarah lembaga penelitian (LP) tidak bisa dilepaskan dari sejarah Lembaga Pengabdian pada Masyarakat (LPM), karena kedua lembaga tersebut di Unsoed tumbuh bersama dengan suka duka yang tidak jauh berbeda.
Pada mulanya bernama Lembaga Penelitian dan Pengembangan (LPP) dipimpin oleh Drh. Soedito AS dosen fakultasPeternakan, Sedang LPM dipimpin oleh Drs. Roediro dosen fakultas ekonomi. Karena belum memiliki kantor, LPP menempati ruang Laboratorium Pemuliaan ternak Fakultas Peternakan Unsoed (sekarang) FISIP
Kemudian tahun 1976 terjadi reorganisasi dan kedua lembaga tersebut disatukan menjadi lembaga Penelitian dan pengabdian Masyarakat (LPPM) yang diketuai oleh Drs. Roediro berkantor di Grendeg (jalan Prof. Dr. H. Boenyamin).
Pada tahun 1978 LPPM kembali dipisah menjadi dua lembaga yaitu Lembaga Penelitian (LP) dan Lembaga Pengabdian pada Msyarakat (LPM). LP diketuai oleh seorang guru besar Fakultas Peternakan Unsoed yakni Prof. Drh. R Djanuar dan kantornya pindah kesalah satu ruang di sayap kanan gedung Pusat Administrasi Unsoed, jalan Prof. Dr. H. Boenyamin. sedangkan LPM diketuai oleh Drs. Sumardi (1978 – 1988)
Kemudian pada tahun 1980 terjadi perubahan status menjadi Balai penelitian (BP) yang berkantor di sebelah timur gedung perpustakaan Unsoed, berdampingan dengan kantor Proyek pengembangan perguruaan tinggi (P2T). BP dipimpin oleh Drs. RB Darbohoesodo, dosen fakultas Biologi sampai dengan 1984.
Antara tahun 1984 – 1988 BP dikepalai oleh Prof. Drs. Sanusi Martodigdo. Pada tahun 1988 kantor pindah lagi ke gedung timur lantai II Fakultas Ekonomi Unsoed dan Prof. Dr. H Soebardi AS. dosen FE mendapat kepercayaan menjadi kepala Balai selama 6 tahun (1988-1993), sedang LPM diketuai oleh Drh. Sutrisno SU. Selama 4 tahun (1988 – 1991)dari Fakultas Peternakan, Karena Prof. Dr. H Soebardi AS diangkat menjadi Rektor maka ketua BP digantikan oleh Dr. Ir Sunarto, MS. Dari Fakultas pertanian pada Tahun 1993. Ketua LPM pada saat itu Ir. Daryono Watiman selama 8 tahun mulai 1992 – 2000 dari Fakultas Pertanian. Pada saat itu Kantor BP berada disalah satu ruang sayap lantai II gedung barat FE. Selanjutnya sejak tahun 1994 status BP meningkat menjadi Lembaga Penelitian (LP) dan kepala balai diangkat menjadi ketua Lembaga. Kantornya pindah lagi kejalan kampus Grendeng. Pada tahun 2000 – 2004 Dr. Ir. Hartoko MS. Dari Fakultas Peternakan Diangkat sebagai ketua LP. Dan ketua LPM waktu itu adalah Prof. Drs. H.M. Tholib dari 2000 – 2006 dari Fakultas Ekonomi. Tahun 2004-2007 Drs, Edy Yuwono, Ph.D Dari Fakultas Biologi, diangkat sebagai PLT. Ketua LP, selanjutnya Tahun 2007 Drs. Edy Yuwono, Ph.D. baru ditetapkan sebagai Ketua Lembaga Penelitian Universitas Jenderal soedirman sampai tahun 2010. Sedangkan LPM waktu itu diketuai oleh Ir. H. Sukardi, MS. Tahun (2006 – 2010). Selanjutnya Juni 2010 LPM dan LP digabung lagi menjadi satu sebagai LPPM. Ketua Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat (LPPM) diemban oleh Prof. Ir. Totok Agung DH., MP., Ph D. Dari Fakultas pertanian sampai dengan saat ini. (tahun 2013).
Riwayat Puslit.
Berdasarkan SK Rektor Nomor : Kept. 160 PT 30.H/C/1994 pada tanggal 7 september 1994 Lembaga Penelitian memiliki empat Pusat Penelitian (puslit) Yaitu :
- Sejak tahun 1998 kantor LP Unsoed menempati gedungnya sendiri, yaitu Puslit Pembangunan pedesaan dan kemasyarakatan dengan kepala Drs. Jarot Santoso, MS
- Puslit Lingkungan Hidup Dikepalai Prof. Dr. Hj. Tatiek Hadiajati, SU.
- Puslit Kependudukan dan kajian Wanita (1994 – 1998 )dikepalai Drs. Sujono, Ms. Dan 1998 – 2001 : Dra. Soetji Lestari, M.Si.
- Puslit Pangan, Gizi dan kesehatan dikepalai oleh Ir. SH. Suseno, SU.
Gedung LP Unsoed yang berlokasi di jalan Soeparno Purwokerto .
Selanjutnya pada tahun 2000 setelah didahului dengan seminar Pemberdayaan Pusat Penelitian dan sesuai dengan dinamika serta kebutuhan organisasi, maka berdasarkan surat Keputusan Rektor Nomor : 235/j23/Puslit/2000, Puslit dikembangkan menjadi enam yaitu :
- Puslit Pedesaan dengan kepala Drs. Rawuh Edy Priyini, M.Si.
- Puslit Lingkungan Hidup Dikepalai Drs. Suwarso, M.Si.
- Puslit Pangan, Gizi dan Kesehatan dikepalai oleh Ir. V. Prihananto, SU.
- Puslit Kependudukan dikepalai Drs. Sugito, SU.
- Puslit Wanita di kepalai oleh Dian Retna Puspita, M.Hum.
- Puslit Budaya Daerah dan Pariwisata di kepalai oleh Yazid Effendi, SH. MA.